A continuación te voy a enseñar como repararlo y poder disfrutar del editor de diagramas. Es sencillo, solamente hay que instalar una versión anterior de un componente que se llama Graphiti.
Solución
- Clic en menú Help -> Install new software
- Clic en botón Add y pega la siguiente URL en el campo Location: http://download.eclipse.org/graphiti/updates/0.11.4/
- Selecciona los componentes de graphiti 0.11 y pulsa el botón next.
Comenzará la descarga y te advertirá que la operación por defecto es desinstalar JPA Diagram Editor (si lo tienes instalado) porque es incompatible con la versión que quieres instalar de graphiti 0.11
Acepta y cuando termine te pedirá reiniciar eclipse.
Vuelve al menú de instalación de software y elige esta vez la url de releases de mars como aparece en la imagen. Selecciona JPA Diagram Editor y acepta:

Te pedirá reiniciar nuevamente eclipse cuando termine. Después de eso ya podrás disfrutar de tu Editor de diagramas JPA.

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